Dies galt zum Beispiel für die Biotopverbundplanung der ehemaligen landwirtschaftlichen Produktionsgenossenschaft (LPG) Struppen im Vorfeld des Nationalparks Sächsische Schweiz, die im Auftrag des Bayerischen Naturschutzfonds, in Zusammenarbeit mit der LMU München und der TU in Tharandt durchgeführt wurde.

Aus mehr als 80 ha großen Ackerflächen mit starker Erosion wurde wieder eine kleinteilige Landschaftsstruktur abgeleitet. Aus historischen Karten abgeleitete Strukturelemente und die Ansprüche diverser Indikatorarten waren die Vorlage für das Verbundsystem.

Mit den Bürgern vor Ort wurden auch die Ortsbilder und die Wiederaufnahme entfallener traditioneller Elemente wie eine Allee mit Fußweg rekonstruiert. Parallel dazu konnten alternative Nutzungskonzepte (wie Mutterkuhhaltung, Nebenerwerb durch Fremdenverkehr) entwickelt und mit den Betroffenen diskutiert werden. Die Umsetzung kann mit Hilfe der Direktion für ländliche Entwicklung erreicht werden.

Ein vergleichbares Projekt war die Biotopverbundplanung für die landwirtschaftlichen Flächen der städtischen Wasserwerke Leipzig im mittleren Muldeebiet bei Canitz.
Eine neue Bedeutung bekommen Biotopverbundplanungen und Konzepte in Zusammenhang mit dem Schutzgebietsystem der EU "NATURA 2000".
(siehe Fauna-Flora-Habitat-Richtlinie)